ため池が持っていた本来の生態系を取り戻すため、最初に行うことは外来生物の駆除です。水面に浮かぶホテイアオイのような植物であれば駆除も比較的簡単に行えるかもしれませんが、外来の魚などの駆除は簡単ではありません。
効果的な駆除として昔ながらの池干しがあります。池から水を抜いてしまえば何がいるのかを容易に確認できる上、捕まえるのも簡単です。名古屋市ではこれまでに数回、市内にあるため池の池干しを行っています。2009年にはCOP10開催に向けて市街地にある隼人池で、地域住民と共に池干しを行い、生物調査と外来生物の駆除を実施しました。
この時、ブルーギル、オオクチバス、コイ、ライギョ（カムルチー）、ミシシッピアカミミガメ、ウシガエルなどを駆除し、モツゴ、タモロコ、メダカ、テナガエビ、スジエビ、イシガメ、そして海から遡上するモクズガニなどの在来種を確認しました。別のため池では外来生物を駆除した後、在来の水草や小魚が増殖していることが確認されているそうです。
池は必ずといっていいほど水源となる川と、流出する川や水路をもっています。外来生物しかいないと思われた池などで、その地域では絶滅したと思われていた在来種が見つかるのは、川を辿ってやってくるからです。ため池は川を通して最後は海に繋がります。川にはいくつもの支流が流れ込んでいます。そうした支流を通して、他の池とも繋がっています。外来種しかいないような池であっても、いつかは川を通して在来種が戻ってくる可能性があるのです。川は生き物にとって大切な回廊の役目をしているのです。