中央火口丘群や外輪山に降った雨は、南阿蘇村で豊富な湧水となって湧き出しますが、その水は地下に浸透した水のほんの一部です。有明海へと注ぐ中流域の地下には巨大な地下水盆が形成されています。
地下水は無尽蔵にあるように思われています。しかし雨水は一気に地下へ浸透するわけではありません。地上に池のような水を蓄えておくところがないと、地下へ浸透する前に海へ流れ出てしまいます。地上の水が浸透し地下水が蓄えられることを涵養（かんよう）といいますが、水田も地下水涵養の役割を担っています。
昔の水田は冬でも水が張ってありました。同じ土壌のところで毎年同じ作物を繰り返しつくり続けると、連作障害が起きて、収穫量が低下します。しかし水田は何十年、何百年と同じものをつくり続けていますが連作障害は起きません。水を張ることによって土壌が酸素不足になり、作物の生育に有害な菌類が繁殖できなくなるからです。また、水が張られていることによって雑草の繁茂も防ぐことができるのです。
水田に水を張るには、用水路の管理はもちろん、畦（あぜ）の整備も毎年きちんと行なわなければならず、かなりの労力が必要です。しかも農業従事者の高齢化によってこうした水田の維持が難しくなるにつれ、水田に水を張るのは稲の生育に必要な時期だけになってしまいました。阿蘇の草原が人の手によって維持されてきたように、阿蘇の地下水は水田によって維持されてきた面もあるのです。